„To se dogodilo u Betaniji s onu stranu Jordana, gdje je Ivan krstio“ (Iv 1:28). Mjesto Isusova krštenja opisano u Ivanovom evanđelju ima dugu i zanimljivu povijest. Nakon smrti Ivana Krstitelja njegovi su učenici nastavili štovati mjesto Isusova krštenja. To je mjesto u svom punom značenju rodno mjesto kršćanstva. Brojne crkve sagrađene su u samoj blizini, veliki broj hodočasnika redovito je posjećivao to mjesto, a u obližnjim pećinama živjeli su redovnici-pustinjaci. 
Prema brojnim povijesnim izvorima tradicija štovanja mjesta djelovanja Ivana Krstitelja i samog mjesta Isusova krštenja bila je izrazito jaka i očuvala se sve do 14. stoljeća no nakon slabljenja Bizanta prostor je pao pod vlast lokalnih plemena. S vremenom prostor istočno od rijeke Jordan postaje nesiguran, posjete su gotovo nemoguće, hodočašća potpuno prestaju i mjesto krštenja pada u zaborav. 
Preciznije određenje mjesta gdje je djelovao Krstitelj moguće je tek uz brojne komparativne analize biblijskih tekstova, povijesnih izvora i geografskih studija.
Betanija se može razumijeti kao Beth-ananiah = kuća Ananijina, odnosno kuća čovjeka po imenu Ananija, ali možda dolazi i od riječi Bet anniyyah = kuća broda. No nijedan naziv nije poznat kao mjesto u vrijeme prvih povijesnih svjedočanstava. Zbog toga jedan od najranijih povijesnih izvora Origen predlaže čitati ime mjesta kao Beth abara = kuća prelaska, zbog čega je to ime često kasnije preuzimano u bizantskim tekstovima a zatim i u KJV (King James verziji Svetog pisma). 
Zbog slučaja iskrivljenog pisanja pojedinih naziva mjesta u Septuaginti i Vulgati nailazilo se na razna tumačenja od onog da je mjesto Betanija postojalo ali je napušteno i zaboravljeno do raznih pokušaja pripisivanja tog mjesta raznim drugim lokacijama, kao što je to prvi učinio Origen. S obzirom na ustrajnost kojom su neki nazivi mjesta sačuvani na prostoru Starog istoka, npr. Gibeon iz Jošue je današnje selo el Đib čudi nepostojanje Betanije na istočnoj strani rijeke.
Iako je Origen mjesto krštenja nazvao Bethabara nije jasno precizirao gdje bi se to mjesto nalazilo u svom komentaru Ivanova evanđelja. Euzebije Cezarejski nastavlja se na Origenovu tradiciju i zadržava naziv Bethabara te opisuje to mjesto kao „s one strane rijeke“ te dodaje da u njegovo doba „to je mjesto na kojem mnoga braća nastoje primiti krštenje“. 333. hodočasnik iz Bordeauxa opisuje svoje svjedočanstvo i mjesto u blizini utoka rijeke Jordan u Mrtvo more „mjesto gdje je Ivan krstio Gospodina a ponad visoke obale je isto brdo s kojeg je Ilija uznesen na nebo“. Sveti Jeronim nastavlja tradiciju uz izuzetak da on ipak ostavlja u Vulgati naziv mjesta krštenja - Betanija.
Razne hipoteze o mogućim lokacijama smještaju Betaniju od juga Jordanske doline sve do Galilejskog jezera na sjeveru.
Na Madaba Mosaic Map (Karti iz Madabe) mjesto krštenja je označeno pod nazivom Sapsaphas i kao takvo nema nikavu potvrdu u Evanđeljima. Ali položaj mjesta krštenja na karti odgovarao je svjedočanstvima ranih hodočasnika koji smještaju krštenje blizu plićaka Al Maghtas i Hagla. Al Maghtas je lokalitet nakoliko kilometara istočno od Jerihonske oaze, 9 km sjeverno od Mrtvog mora, na istočnoj strani rijeke Jordan. 
Značajan doprinos lociranju mjesta pružio je otac Picirillo koji je tvrdio da pažnju treba usmjeriti na dva topografska mjesta koja se nužno ne isključuju, a to su: Bethabara na rijeci Jordan i Betanija na izvoru Wadi Kharrara. Gornji dio Wadi el-Kharrara  već je 1913. Gustav Dalman označio kao mjesto gdje je Ivan djelovao zbog toga što je taj izvor bio nepresušan, iz njega se mali potok ulijevao u samu rijeku Jordan, a iznad njega su se nalazili ostaci crkve. 1931. taj prostor temeljito je istražio F. M. Abel no tek su 1997. krenula sustavna arheološka istraživanja pod vodstvom Mohammeda Waheeba. 
Arheološka istraživanja usmjerena na područje Tall el Kharrara poznatog i kao Jabal Mar Elias (Ilijino brdo) i prostor crkava svetog Ivana Krstitelja u blizini same rijeke Jordan otkrila su ostatke crkve, brojnih mozaika, pećina i samostan. Iako ima tragova i ranije prisutnosti ipak je većina nalaza iz razdoblja 5.- 8. stoljeća, a neki nalazi potvrđuju prisutnost sve do 15. stoljeća.  
Svi pronađeni nalazi podudaraju se s opisom Ivana Mosha (550-619) bizantskog redovnika. On je zapisao da se u njegovo doba to mjesto naziva Sapsas prema vrbama koje rastu u wadiju (što odgovara nazivu na karti iz Madabe = Sapsaphas). Prema Gibsonu radi se o izvedenici od arapske riječi safsaf, odnosno hebrejski cafcaf a označava brzorastuću grmoliku vrbu koja može narasti i do 15 metara visine ako ima dovoljno vode. 
Svi arhitekturalni ostaci potječu iz bizantskog razdoblja kad se i pretpostavlja da je bio veliki priljev hodočasnika.  Iako nema puno ostataka keramike iz ranog rimskog doba (prema istraživačima radi se o razdoblju od 100. pr. Kr. do 73. n. Kr.) potvrđeni su tipični oblici za to razdoblje poput svjetiljki, vrčića, baza amfore, posuda za kuhanje, šalice i sl. koje daju zaključiti da je ovo mjesto bilo naseljeno u vrijeme Ivana Krstitelja. 
Nestanak zgrada iz prvog stoljeća je lako objasniti. Bile su građene od ćerpića, možda s kamenim temeljima, ali sigurno su bile ukopane ispod puno opsežnijih i većih struktura iz bizantskog razdoblja.
Nestanak Betanije, odnosno imena mjesta puno je teže objasniti. Kad dolazi do izmjene imena obično se sačuva tradicija tako je Betanija kraj Jeruzalema postala Lazarium po sjećanju na uskrusnuće Lazarovo. Moguće je da je Sapsaphas bilo originalno ime mjesta gdje je Ivan krstio a da je autor evanđelja odnosno redaktor smatrao da je ime po nazivu vrbe preopćenito i neodređeno pa je mjesto nazvao Betanija s onu stranu Jordana.